A Associação Paulista de Medicina de São José dos Campos foi estabelecida em 24 de fevereiro de 1954 por 35 médicos, principalmente tisiologistas que atuavam nos sanatórios para tuberculosos. Seu primeiro presidente foi João Batista de Souza Soares. Inicialmente, as reuniões e eventos eram realizados em locais como o auditório da Faculdade de Direito e a Santa Casa de Misericórdia.

Em dezembro de 1968, a entidade inaugurou sua sede, a Casa do Médico, na Av. São José, com Antonio Mazzuco como presidente. A construção foi possível graças à doação de terreno pela Prefeitura Municipal e ao apoio financeiro do Departamento Previdenciário da APM São Paulo e dos associados locais.